Le programme de la Fondation est coordonné depuis son siège, situé à Alexandrie, en Egypte, sous la direction du Directeur Exécutif et en collaboration avec les Chefs de File de chacun des Réseaux Nationaux. 

Le Directeur est responsable devant le Conseil d’Administration, composé de hauts fonctionnaires des Ministères des Affaires étrangères des gouvernements du Partenariat Euro-Méditerranéen. Le Président de la Fondation est, quant à lui, responsable des relations extérieures. Il dirige également le Comité Consultatif, qui conseille le Directeur, le Conseil d’Administration et les Réseaux sur les orientations stratégiques de la Fondation.